Tra i beni che l’arcidiacono Bernardo il 31 maggio 1047 donò alla cattedrale di Padova c’era anche «pecia de terra cum vites in loco Mandira». È la forma originaria di questo toponimo, che come località ed anche come fossa ricompare in successive donazioni di terreni sempre alla cattedrale di Padova da parte di Aldiberto del fu Martino il 15 gennaio e l’8 luglio 1052, dei coniugi Adamo ed Ingelberga il 30 marzo 1065 e dei fratelli Guglielmo e Giovanni ed altri il 20 febbraio 1083. 

Diventa Mandria in una vendita del 15 giugno 1114 e tale restò poi sempre. Ai canonici della sua cattedrale il vescovo San Bellino confermò tra le altre anche «decimas de Mandria», riconfermate loro dal vescovo Gerardo il 5 giugno 1171 e dal papa Alessandro III il 10 ottobre 1172. 

Invece «S. Maria de Mandria» compare la prima volta il 15 giugno 1178 nell’atto con cui Elichetta vedova di Gerardino prestando 100 lire ad Albertino di Castelnuovo pone tra le condizioni anche che la somma sia restituita «si… foret necessaria Elichette ante kalendas marcii proximi pro facto domus S. Marie de Mandria vel pro alio suo facto». Speronella lasciò 100 soldi con testamento del 2 ottobre 1192. Quel nome indicava anzitutto l’«ecclesia S. Marie de Mandria», cui il canonico padovano Enrico legò 5 soldi nel suo testamento del 1° dicembre 1195. Le era annesso un ospedale. Lo sappiamo da un manipolo di atti relativi alla lite decimale che ebbe con i canonici di Padova nel 1202 e 1203. […] Il papa Innocenzo III, cui i canonici s’erano rivolti, il 3 maggio 1202 demandò la cosa a Marco vescovo di Castello e Gerardo abbate di Sant’Ilario di Venezia, i quali il 14 febbraio 1203 sentenziarono in favore dei canonici. Il reggente dell’ospedale di S. Maria di Mandria, che in quegli atti è chiamato «minister», è detto «priore» pochi anni dopo. […] Fu in questo tempo che S. Maria della Mandria adottò la regola dei canonici agostiniani portuensi e s’assoggettò o fu assoggettata al monastero di S. Maria delle Carceri? L’atto con cui il 17 giugno 1294 Enrico degli Scrovegni ottenne dal vescovo Bernardo licenza di fondare il monastero di S. Orsola fu redatto «in ecclesia monasteri sancte Marie de Mandria». Fu successivamente staccato dal monastero di S. Maria di Carceri e assoggettato a quello di S. Michele di Murano. Così da agostiniano diventò monastero camaldolese. […]

La chiesa visitata dal vescovo Ormaneto, il 13 ottobre 1572, aveva soli due altari, il maggiore ad oriente e quello della B. Vergine Maria; il campanile era a destra dell’altare maggiore e il fonte battesimale a sinistra della porta principale; ben chiuso da muro il cimitero; la chiesa aveva un portico davanti, che l’Ormaneto ordinò di alzare fino all’altezza del tetto della chiesa e pavimentare. Non se ne parla più nelle visite successive.

Quella del vescovo Marco Corner, il 13 novembre 1602, informa che «ecclesia… fuit olim aedificata per illustres viros Capulistios nobiles Patavinos et pro commoditate populi facta parochialis».

Il vescovo Giustiniani il 19 ottobre 1777 trovò la chiesa «exiguam valde». Una nuova chiesa in stile barocco con tre altari, più ampia e con l’abside volta a mezzogiorno, fu costruita tra il 27 febbraio 1794 e il 1797 e consacrata dal vescovo Mons. Modesto Farina il 1° settembre 1839. Nel 1942-1943 fu allargata sistemando gli altari laterali in cappelle ricavate sfondando le pareti e fu rinnovato l’altare maggiore.

Parte rilevante del territorio della parrocchia il 31 ottobre 1957 passò alla nuova parrocchia di S. Giovanni Bosco.